Первое упоминание о храме в селе Ишаки относится к 1728-1748 годам, когда была построена деревянная церковь во имя Сретения Господня. Храм был возведен при участии архимандрита Вениамина, настоятеля Чебоксарского Троицкого мужского монастыря, в рамках миссионерской деятельности среди чувашского населения. В 1751 году произошло событие, повлиявшее на дальнейшую историю храма: чувашский крестьянин Алтазан обнаружил при вспашке земли дощечку с изображениями святителя Николая Чудотворца, святителя Василия Великого и Архистратига Михаила. После чудесного исцеления его дочери, образ был перенесен в храм.
В 1754 году началось строительство нового каменного храма на средства купца Микулина. Храм был трехпрестольным: главный престол освящен во имя Архистратига Михаила (8 июля 1760 г.), правый - во имя святителя Василия Великого (24 июня 1765 г.), левый - во имя святителя Николая Чудотворца (25 июля 1755 г.). Освящение проводил архимандрит Хрисанф, настоятель Чебоксарского мужского монастыря. В 1757 году у святого источника была построена часовня, куда ежегодно совершались крестные ходы с чудотворной иконой.
В 1785 году в колокольне, стоявшей отдельно от храма и соединенной с ним каменной галереей, был освящен придел во имя Сретения Господня. В 1859 году чувашским крестьянином Иваном был пожертвован колокол весом 105 пудов, а в 1897 году добавлен колокол в 201 пуд с завода купцов Бакулиных. В 1869-1894 годах храм был расширен: с восточной стороны пристроен холодный храм с престолами во имя Архистратига Михаила, равноапостольного князя Владимира и благоверного князя Александра Невского.
В 1922 году начались гонения на храм: были изъяты церковные ценности, духовенство обложено высокими налогами. 26 марта 1932 года Президиум Чебоксарского районного исполнительного комитета постановил закрыть храм. Летом 1933 года здание храма было полностью разрушено. В 1991 году православный приход во имя святителя Николая Чудотворца был зарегистрирован вновь. В 1992 году построен деревянный молитвенный дом, а в 2017 году совершено великое освящение нового храма.