В 1991 году, 17 апреля, решением приходского совета был учреждён Дом Милосердия как структурное подразделение Свято-Покровского прихода. Строительство Дома Милосердия началось в 1992 году и включало два корпуса, освящённые в 1993 и 1994 годах в честь святителя Николая Чудотворца и святого Пантелеимона соответственно. К 1995 году сформировался комплекс, включающий приют для пожилых людей, пекарню, швейную мастерскую и подсобное хозяйство.
В 1995 году началось строительство детского жилого корпуса и домовой церкви в честь святителя Николая Чудотворца. 8 сентября 1998 года митрополитом Оренбургским и Бузулукским Леонтием было совершено освящение семейного детского жилого корпуса и домовой церкви. Храм представляет собой пятиглавое здание с шатровой колокольней, стилизованное в формах московского зодчества XVII века. Внутренние росписи выполнены бригадой живописцев под руководством заслуженного художника Вячеслава Пашковского. Росписи, завершённые осенью 2007 года, выполнены в охристо-зелёных пастельных тонах и включают сюжеты из Ветхого и Нового Заветов.
Храм функционирует как детский, что отразилось на его оформлении. Яркие краски и живописные сюжеты призваны сделать пространство более доступным и понятным для детей. В росписях представлены сцены сотворения мира, жизни первых людей, грехопадения, а также евангельские сюжеты из жизни Иисуса Христа. Стиль росписей можно охарактеризовать как живописный, с элементами, напоминающими работы Виктора Васнецова.
Дом Милосердия имеет подсобное хозяйство, включающее ферму, швейную и фаянсовую мастерские, а также просфорную. Швейная мастерская обеспечивает одеждой детей, гимназическую форму учащихся и облачения для священнослужителей. Фаянсовая мастерская изготавливает посуду для нужд Обители Милосердия.
В 1999 году была построена колокольня во славу Святой Троицы, освящённая летом 2000 года в честь 2000-летия Рождества Христова. Это одно из самых высоких сооружений посёлка Саракташ. В Обители существует традиция: в течение всей Светлой седмицы желающие могут подниматься на колокольню и звонить в колокола.