В 1855 году, с открытием в Нежнуре деревянной церкви, населённый пункт получил статус села. Однако к 1870 году было принято решение о строительстве нового каменного храма. Строительство каменной пятиглавой церкви завершилось в 1877 году. Главный престол был освящён во имя святителя Николая Мирликийского, с боковыми приделами в честь пророка Илии и святого мученика Власия.
Архитектурно храм представлял собой типичный для того времени образец православного культового зодчества, характеризующийся массивной каменной структурой с пятью куполами.
В 1936 году, в период антирелигиозной политики советской власти, богослужения в храме были прекращены, а в 1940 году церковь официально закрыта. Здание подверглось частичному разрушению, и его помещения использовались для различных хозяйственных нужд, что привело к утрате значительной части внутреннего убранства и архитектурных элементов.
В 1995 году, после изменения государственной политики в отношении религии, приход в селе Нежнур был возрождён. К 1999 году, благодаря усилиям местных жителей и духовенства, здание храма было частично восстановлено, и в нём было совершено первое после долгого перерыва богослужение.
