После установления советской власти, в период антирелигиозной политики государства, церковь и церковно-приходская школа были закрыты. Здание храма использовалось под мастерскую машинно-тракторной станции (МТС), а в 1954 году было разобрано для строительства клуба, что отражает тенденции того времени по переиспользованию религиозных сооружений в светских целях.
В начале XXI века, в период возрождения религиозной жизни в России, по благословению архиепископа Симбирского и Мелекесского Прокла, в Красном Яре было принято решение о строительстве нового православного храма. С 2003 по 2007 годы велось возведение деревянного храма во имя Святителя Николая Чудотворца. 28 января 2007 года состоялось его освящение, что стало важным событием для местной общины. В 2005 году, после установки купола, храм получил в дар икону святых Петра и Февронии с частицами их мощей от игумена Кирилла из Мурманского монастыря, что подчёркивает связи прихода с другими православными общинами. Вблизи храма была возведена каменная колокольня, завершая архитектурный ансамбль.