Первые упоминания о храме во имя святителя Николая Чудотворца в Крапивинском районе относятся к 1734 году и связаны с историей Мунгатского острога. Первая деревянная часовня была построена в 1734-1736 годах. В 1773 году на ее месте возвели деревянную Никольскую церковь, которая через 10 лет была обновлена, но вскоре уничтожена пожаром.
В 1863 году храм был восстановлен на новом месте - в центре села Крапивино. В 1938 году, в период антирелигиозных гонений, церковь была закрыта, разорена и окончательно разобрана. Здание использовалось для различных светских нужд, включая книжный магазин и спортзал, прежде чем было полностью разрушено.
Возрождение прихода началось в 1991 году с открытия молельного дома в помещении бывшей школьной фильмотеки. С 1998 по 2005 год велось строительство нового кирпичного храма по проекту архитектора Виктора Усольцева. Освящение восстановленного храма состоялось в 2004 году.
При храме действует источник в честь святителя Николая Чудотворца, расположенный в 1.5 км севернее поселка Каменный, рядом с историческим Мунгатским острогом. В 2012 году родник был облагорожен, оборудована купель, установлен поклонный крест. В 2013 году рядом с источником была построена и освящена часовня в честь преподобного Сергия Радонежского.
В храме находится икона-портрет святого праведного Иоанна Кронштадтского, переданная в дар местной жительницей. Образ имеет историческую ценность как реликвия, привезенная в Сибирь в 1920-х годах переселенцами из Вятской земли.