Первый деревянный храм во имя святителя Николая Чудотворца в Черлаковском форпосте был построен в 1781 году. Селение входило в состав прихода Железинской крепости до обретения самостоятельного приходского статуса. К середине XIX века церковь обветшала, и в 1852 году на её месте возвели новый деревянный храм, который уничтожил пожар 28 февраля 1891 года. Богослужения временно совершались на переносном престоле в доме вдовы хорунжего Глафиры Парфеновны Рытовой.
В 1893 году на средства прихожан и жертвователей построили третий по счёту деревянный храм. Штат причта первоначально включал священника, диакона и двух псаломщиков, но в 1907 году Святейший Синод сократил одну вакансию псаломщика. Приход охватывал несколько окрестных поселений: Больше-Атмасский, Мало-Атмасский, Елизаветинский и Соляной. Составители церковных документов отмечали слабую религиозную активность местного населения.
В советский период храм был закрыт, дальнейшая судьба здания неизвестна. Возрождение приходской жизни началось в 1991 году, когда верующие оборудовали временный храм в старом деревянном доме купца Ивана Алексеевича Сухоплюева. Первое богослужение состоялось 7 апреля 1992 года. С 2003 года при храме действует благотворительная столовая.
В храме пребывают святыни: частица мощей священномученика Сильвестра Омского и частица мощей Вифлеемских младенцев. Сохранились старинные иконы, в том числе образ святого Пантелеймона Целителя XVIII века, который ранее использовался как столешница, и икона «Воскресение» петровской эпохи, служившая ступенькой в жилом доме.
С 2012 года посёлок является центром Черлакского благочиния Калачинской епархии. В настоящее время ведётся строительство нового храмового здания. Исторические сведения о приходе фиксируются в церковных документах с 1893 года, включая публикации в «Тобольских епархиальных ведомостях» и справочниках Омской епархии.