Первое упоминание о деревне Бокановой (позднее Бакланово) содержится в писцовой книге Орловского уезда 1678 года переписи Ефима Марковича Норова и подьячего Савина Репьева. В этот период деревня находилась во владении князя Ивана Степановича Хотетовского, имевшего здесь вотчинный двор. Хотетовский был приближенным царевны Софьи Алексеевны и сохранил положение при Петре I.
Деревянная Никольская церковь впервые упоминается в 1734 году, о чем свидетельствуют церковные ведомости. В последующие годы храм неоднократно ремонтировался: в 1802-1807, 1854, 1872, 1885 и 1897 годах. К середине XIX века село Бакланово стало волостным центром и одним из самых многолюдных в Орловском уезде, что потребовало строительства более вместительного каменного храма.
12 сентября 1899 года состоялась торжественная закладка нового каменного храма на более высоком месте на противоположном берегу реки Неполодь. Строительный комитет возглавил священник Митрофан Панов. В строительстве участвовали кирпичный мастер Мариничев, плотники Горлин, Мишин, Шинарев, Иван Старцев, иконостасный мастер Гончаренко. Подрядчиком работ выступил Леваков с десятниками Ширковым и Чекрыгиным. Архитектурный надзор осуществляли: при закладке фундамента - архитектор Пухальский, при дальнейших работах - епархиальный архитектор Вильфорт.
4 января 1909 года однопрестольный храм во имя Святого Николая Чудотворца был освящен. Трехъярусную колокольню к 1910 году довели только до середины второго яруса, и она осталась незавершенной. Вместо нее использовалась деревянная звонница на столбах.
Службы в старой деревянной Никольской церкви прекратились в 1919 году. 12 апреля 1921 года иконостас был разобран и перевезен в село Серенск Волховского уезда, часть икон передана в новый храм. В том же году церковь осмотрел заведующий Орловским губмузеем П.С. Ткачевский, после чего здание разобрали на строительство школы.
Каменный Никольский храм закрыли в 1940 году. В советский период он лишился верхнего яруса колокольни и всех глав, кроме центральной. В 1991 году церковь возвращена верующим, после восстановления с осени 1995 года в ней возобновились богослужения.