Храм святителя и чудотворца Николая на Елшанском кладбище города Саратова был основан в 1996 году. Инициатива строительства принадлежала членам комитета общественного самоуправления поселка Елшанка, которые в ноябре 1991 года обратились к архиепископу Саратовскому и Вольскому Пимену (Хмелевскому) с прошением о благословении на возведение храма-часовни. Разрешение на проектирование и строительство было получено только в 1996 году.
22 октября 1996 года состоялся чин основания храма-часовни во имя святителя Николая. Строительство завершилось в 1998 году. 12 июля 1998 года архиепископ Саратовский и Вольский Александр (Тимофеев) совершил чин Великого освящения новопостроенного храма. Архитектором проекта выступил Д. В. Голубинов, создавший каменный одноглавый шатровый храм с крестообразным основанием и полукруглой апсидой.
В 2007-2008 годах в храме проводился косметический ремонт, включавший замену купола. В 2010-2011 годах была заменена кровля. На территории храма расположена отдельно стоящая звонница.
28 декабря 2020 года указом митрополита Саратовского и Вольского Игнатия храму был присвоен статус архиерейского подворья. К храму приписаны часовня святого Иоанна Воина на территории ГУВД по Саратовской области и храм Праведного Лазаря на Новоелшанском кладбище.
При храме действует воскресная школа для взрослых и приходская библиотека. Ведутся катехизаторская и социальная работы, включая духовное окормление школы-интерната №78 поселка Жасминный. Организован сбор и распределение вещей среди малоимущих прихожан, ежедневно проводятся благотворительные обеды.