Первые упоминания о православной жизни в Волчанске относятся к концу XIX века. В 1899 году в поселении Волчанка (нынешний Волчанск) была возведена часовня во имя святителя Иоанна Богослова. Часовня построена в память коронования императора Николая II. В феврале 1910 года в ней совершил литургию священномученик Аркадий Гаряев, позднее причисленный к лику святых. После революции часовня была разрушена по решению властей.
Возрождение церковной жизни в Волчанске началось в 1997 году, когда был создан приход во имя святителя Николая Чудотворца. В том же году городские власти передали верующим здание бывшего магазина «Ветеран» по адресу ул. М. Горького, 6. Здание требовало значительных ремонтных работ. Первый молебен в помещении будущего храма состоялся 10 мая 1998 года. С февраля 1999 года в храме начали регулярно совершаться богослужения.
В 2004 году в храме была установлена старинная церковная колокольня, обнаруженная при разборке мусора на территории города. В сентябре 2006 года рядом с храмом был заложен новый каменный храм, построенный по мотивам Владимиро-Суздальского зодчества XII века. Освящение нового храма во имя святителя Николая Чудотворца состоялось в феврале 2014 года.
Исторически территория Волчанска связана с более ранними православными традициями. В 1674 году при основании слободы на реке Волчьи воды был построен первый храм, также посвященный святителю Николаю. В 1688 году на новом месте Волчанска был возведен Никольский храм, который впоследствии неоднократно перестраивался. В 1782 году построен двухэтажный храм с престолами в честь Святой Троицы и святителя Николая. Каменный Троицкий храм с Никольским приделом был завершен в 1845 году.