История прихода восходит к началу XX века, когда в июне 1905 года глава города Николай Иванович Архипов получил разрешение от Городской Думы на строительство домовой православной церкви при Никольском городском двухклассном училище в районе Новые планы (ныне Новопятигорск).Строительство велось на пожертвования, однако из-за недостатка средств было приостановлено на длительное время.
12 февраля 1906 года домовая церковь при училище была освящена настоятелем Пятигорского Спасского собора Михаилом Закхеевым во имя Святителя Николая Чудотворца. Законоучителем стал отец Василий Кристалинский. Однако помещение не вмещало всех прихожан, и учебное начальство настаивало на упразднении церкви в классном помещении.
21 апреля 1911 года на заседании Городской Думы было рассмотрено прошение жителей Ново-Пятигорска об отведении участка земли площадью 1800 м² для строительства приходской церкви. 14 июля 1911 года Дума определила участок земли с условием, что прихожане соберут часть средств на строительство. В 1912 году была собрана небольшая сумма пожертвований, и участок был выделен. Проект храма разработал городской архитектор, военный инженер, отставной генерал-майор В. П. Герасимов. Предполагалось возведение кирпичного крестово-купольного храма в «русском» стиле с колокольней над западным входом. Весной 1913 года началось строительство, и 4 августа 1913 года викарный епископ Пятигорского духовенства Преосвященный Давид совершил закладку здания. К концу 1913 года были выведены фундамент и цоколь церкви, однако из-за недостатка средств строительство было приостановлено. До 1918 года храм так и не был завершён, и службы продолжались в домовой церкви школы.
В 1920-х годах домовая церковь в Николаевском училище была закрыта. Последним настоятелем был протоиерей Николай Добровольский, в доме которого была устроена молельня. В 1930-х годах церковная община в Ново-Пятигорске подверглась преследованиям, духовенство и верующие были репрессированы, а дом отца Николая передан под детский сад.
В 1940 году в Пятигорск приехал священник Василий Алексеевич Казанский с матушкой Клавдией Михайловной Рождественской. В 1941 году под Никольскую церковь вернули молельный дом отца Николая Добровольского, и отец Василий начал возрождать православную общину. 19 декабря 1942 года произошло освящение молельного дома во имя Святителя Николая Мирликийского Чудотворца. В 1944 году протоиерей Василий Казанский был назначен штатным настоятелем Ново-Пятигорской Никольской церкви. В последующие годы отец Василий нашёл новое место для церкви — небольшой саманный дом прихожан Князевых, которые в 1946 году продали его под церковь. В 1957 году было официально оформлено приобретение этого дома.
В начале 1990-х годов настоятель Никольского храма начал перепланировку здания. Дом был расширен, возведён высокий купол, появились трапезная, крестильня и другие вспомогательные помещения. Московские мастера изготовили иконостас из липы, частично покрытый сусальным золотом. На стенах появились росписи с библейскими сюжетами. В настоящее время при храме действует детская воскресная школа, а также проводятся беседы для взрослых.
