История храма восходит к концу XIX века. В 1893 году в центре города была возведена каменная церковь во имя Святителя Николая Чудотворца. В 1895 году в Данилове произошёл крупный пожар, уничтоживший значительную часть города. В результате этого пожара Никольская церковь получила повреждения: обгорела крыша алтаря, одна из глав обрушилась, сгорели оконные рамы, входные двери, паперть и деревянная колокольня.
В начале XX века к храму была пристроена каменная колокольня, завершившая архитектурный ансамбль. В 1930 году, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт. Здание использовалось для различных хозяйственных нужд, что привело к утрате многих элементов внутреннего убранства и архитектурных деталей.
