Первоначально в конце XIX века, в 1899 году, на средства фонда имени Императора Александра III была построена деревянная трёхпрестольная церковь. Главный престол был посвящён Святителю Николаю Чудотворцу, а придельные — Святому Благоверному князю Феодору и его детям Давиду и Константину, а также Святой Мученице Клавдии.
Приход церкви включал вокзал и посёлок при железнодорожной станции Боготол, а также несколько близлежащих деревень. Общее число прихожан составляло 1928 человек. В штате причта числились священник, дьякон и псаломщик. При церкви функционировала библиотека, насчитывавшая 70 книг. В те годы на станции Боготол действовали двухклассное железнодорожное училище с семью отделениями и училище гражданского ведомства в посёлке при станции.
В советский период, в 1930-х годах, богослужения в церкви были прекращены, и здание было переоборудовано под железнодорожную пекарню. В середине XX века церковь была снесена, и на её месте впоследствии разместились автовокзал и сеть магазинов.
В конце 1980-х годов, с возрождением религиозной жизни в стране, было принято решение о строительстве нового храма Святителя Николая Чудотворца в Боготоле. Строительство деревянной церкви типа восьмерик на четверике с шатровой колокольней началось в 1988 году и завершилось в 1991 году. Новый храм был освящён архиепископом Красноярским и Енисейским Антонием в память о ранее существовавшей церкви.
