Михаило-Архангельская церковь в селе Новониколаевском Кугарчинского района Башкортостана была построена в 1890 году на средства местных купцов. Храм относился к Оренбургской епархии Русской Православной Церкви. Архитектурное решение характерно для сельских храмов второй половины XIX века - кирпичное здание с высокой колокольней, выполненное в русско-византийском стиле.
В дореволюционный период храм являлся духовным центром для жителей села и окрестных деревень. В 1930-х годах, как и большинство церквей в СССР, был закрыт советскими властями. Богослужебная деятельность возобновилась в годы Великой Отечественной войны, когда государственная политика в отношении религии была смягчена.
В декабре 1995 года произошел пожар, полностью уничтоживший здание храма. Восстановительные работы начались в конце 1990-х годов. Новое здание церкви было построено на месте прежнего при участии местных жителей и организаций соседних районов. Особый вклад в строительство внес совхоз «Исимовский».
С 2000-х годов храм относится к Салаватской епархии Русской Православной Церкви. В 2002 году к зданию был подведен газ для отопления. В 2010 году проведена реконструкция, в результате которой храм приобрел современный вид. При церкви сохраняется архив с историческими документами и духовными наставлениями священнослужителей XIX-XX веков.