Храм Николая Чудотворца в поселке Аютинский города Шахты был построен в 1902 году по инициативе местных жителей. Средства на строительство собирались среди населения, значительную часть пожертвовали местные предприниматели. Общая стоимость строительства составила восемь тысяч рублей. Храм был освящен 3 ноября 1903 года во имя Святителя и Чудотворца Николая. Освящение совершили шесть священников Александровско-Грушевского благочиния при участии трех диаконов и хора певчих из Новочеркасска.
Первоначально храм был однопрестольным, имел три купола и колокольню. 1 января 1903 года Священный Синод издал указ об открытии при храме самостоятельного прихода с причтом из священника и псаломщика. Содержание причта обеспечивалось за счет местных средств.
После революции 1917 года храм был закрыт, но не разрушен. В здании размещался клуб. Богослужения возобновились в 1991 году после возвращения здания Русской Православной Церкви. В ходе восстановительных работ храм был перестроен, количество куполов увеличилось до пяти. В 2012 году состоялось освящение новых куполов и крестов, которое совершил епископ Шахтинский и Миллеровский Игнатий.
31 декабря 2002 года храм был включен в список выявленных объектов культурного наследия народов Российской Федерации (Приказ ГУ «Областная инспекция по охране и эксплуатации памятников истории и культуры» № 124). Храм относится к Александровск-Грушевскому благочинию Шахтинской епархии.