Никольский храм в Шемышейке впервые упоминается в 1705 году. Первое здание церкви было сожжено в 1717 году во время набега кубанцев и впоследствии восстановлено. В 1782 году на месте сгоревшего храма возвели новое здание, которое также погибло в огне. Последнее дореволюционное здание храма было построено в 1901 году. Это была деревянная церковь с приделами во имя Рождества Христова (справа) и Рождества Пресвятой Богородицы (слева).
В советский период храм был закрыт и разрушен. В 1992 году в переоборудованном здании кинотеатра, обложенном кирпичом, был открыт Никольский молитвенный дом. В том же году он был освящен малым чином. В 1996 году состоялось великое освящение молитвенного дома.
С конца 1990-х годов ведется строительство нового каменного храма. К 2001 году были готовы фундамент и стены цокольного уровня. К 2014 году здание было практически подведено под крышу. 27 декабря 2020 года состоялось освящение крестов и куполов строящегося храма. 9 августа 2021 года завершилась установка куполов.
С декабря 2022 года в храме регулярно совершаются богослужения. 22 мая 2023 года в престольный праздник состоялось первое архиерейское богослужение. Престольные праздники храма отмечаются 22 мая и 19 декабря - в дни памяти святителя Николая Чудотворца.
При храме действует воскресная школа для детей (с 2009 года) и филиал епархиальной школы колокольного звона (с 2024 года). Издается приходская газета «Никольский благовест». Приход осуществляет социальное служение, помогая малоимущим семьям продуктами и вещами.