Храм Николая Чудотворца в селе Богатое был учрежден как приход весной 1998 года. Для храма администрацией Богатовского района было передано здание районной библиотеки дореволюционной постройки. В том же году началась реконструкция здания: был пристроен алтарь, ризница и крестильня, подняты купола, устроена звонница.
Первоначально храм функционировал как приходская церковь, став первым постоянно действующим храмом в Богатовском районе. Решением Священного Синода от 27 декабря 2016 года на базе Никольской церкви был учрежден Никольский мужской монастырь. Таким образом, храм получил статус монастырского.
Архитектурно здание храма представляет собой перестроенное дореволюционное здание библиотеки. Годы постройки основного здания относятся к дореволюционному периоду, точная дата не установлена. Реконструкция под храм проводилась в период с 1998 по 2005 год. В монастырский комплекс также входят храм в честь Явления Божией Матери преподобному Сергию Радонежскому и храм в честь Собора вселенских учителей и святителей.
Село Богатое, где расположен храм, было основано в середине XVIII века как слобода Богатый Умёт на Большой Московской дороге, соединявшей Оренбург с центром Российской империи. В XIX веке здесь находились промышленные предприятия, включая сахарный завод и мельницы. Железнодорожная станция, построенная в конце XIX века, способствовала развитию села.
Богослужебная жизнь в храме включает ежедневное совершение богослужений суточного круга, Божественной литургии, братского молебна с пением акафиста Святителю Николаю и чтение Псалтири. После учреждения монастыря храм стал центром монашеской жизни на юго-востоке Самарского региона.