Здание храма было возведено в период с 1901 по 1907 годы в архитектурном стиле неоклассицизма. Первоначально оно функционировало как часовня при Краевой психиатрической больнице, основанной в 1907 году. В последующие десятилетия, особенно в советский период, культовое помещение использовалось не по назначению, и сведения о его первоначальном посвящении были утрачены. В 2007 году руководство больницы обратилось в епархию с предложением о передаче помещения церкви, что было одобрено.
К 2011 году здание было восстановлено и украшено росписью. Небесной покровительницей храма была избрана святая блаженная Матрона Московская, канонизированная Русской Православной Церковью в 2004 году. 2 мая 2012 года состоялся первый престольный праздник в честь святой. В 2015 году специально для храма в Троице-Сергиевой лавре была написана икона святой блаженной Матроны Московской.
