Приход святой блаженной Матроны Московской в Лиме был основан в 2011 году как часть Аргентинской и Южноамериканской епархии Русской Православной Церкви Московского Патриархата. Инициатива создания общины исходила от русскоязычных верующих, ранее посещавших храм Святой Троицы Константинопольского Патриархата. После напряжений в междиаспоральных отношениях группа прихожан решила организовать отдельный приход под юрисдикцией Московского Патриархата.
22 марта 2011 года Священный Синод Русской Православной Церкви официально принял решение о включении прихода в состав епархии. Первые богослужения совершались в арендованных помещениях. Духовную поддержку на начальном этапе оказали священники из других стран Южной Америки, включая настоятеля храма в Панаме.
С 2014 года община арендует помещения у католического прихода Девы Марии Фатимской в районе Мирафлорес. В одном из помещений оборудована молитвенная комната, в другом - трапезная. Богослужения совершаются преимущественно на церковнославянском языке с элементами испанского.
Приход включает как русскоязычных, так и испаноговорящих верующих. Численность общины варьируется, основной состав насчитывает около 20 человек. Некоторые местные жители, первоначально католики, через участие в церковном хоре пришли к принятию православия.
История православия в Перу насчитывает несколько десятилетий. Первая русская православная община сформировалась в 1950-х годах, однако со временем этот храм перешел в юрисдикцию Антиохийского Патриархата. Приход блаженной Матроны Московской стал вторым православным приходом в столице Перу.