В 1581 году царь Иван Грозный пожаловал погост Мисково московскому Чудову монастырю, в чьём ведении он оставался до 1764 года.Первое упоминание о храме в Мисково датируется 1616 годом, когда на погосте стояла деревянная церковь Успения Божией Матери с двумя приделами — во имя святителя Николая и во имя святителя Алексия, митрополита Московского.К 1629–1630 годам на погосте появилась вторая деревянная церковь во имя святых мучеников Флора и Лавра.
В начале XIX века, в 1810-х годах, на месте прежних деревянных храмов был возведён каменный храм в стиле классицизма. Этот храм включал в себя три престола: главный в честь Успения Пресвятой Богородицы, правый придел во имя святителя Николая Чудотворца и левый придел во имя святителя Алексия, митрополита Московского. Вокруг храма была сооружена каменная ограда с железными решётками, внутри которой располагалось приходское кладбище.
В связи с созданием Костромского водохранилища, 4 марта 1953 года Костромской облисполком принял решение о закрытии и разборке храма в Мисково. В 1955 году церковь была разобрана, а полученный кирпич использован для укрепления берегов водохранилища. Осенью 1956 года место, где ранее стоял храм, оказалось затоплено водами «Костромского моря».
Спустя несколько десятилетий, в начале XXI века, в посёлке Мисково было принято решение о строительстве нового храма. Местная православная религиозная организация зарегистрировала приход во имя святой блаженной Ксении Петербургской. Строительство нового храма осуществлялось на средства прихожан и благотворителей. В 2012 году храм был освящён и начал свою деятельность. Новый храм представляет собой каменное здание, выполненное в традиционном русском стиле, с одной главой и колокольней. Внутреннее убранство храма включает в себя иконостас и настенные росписи, выполненные современными мастерами.
