Храм святой блаженной Ксении Петербургской в Калининграде относится к числу современных православных сооружений. Сведения о его основании и освящении отсутствуют в доступных исторических источниках. Архитектурный облик храма соответствует традициям русского церковного зодчества с элементами, характерными для храмов, посвящённых данной святой.
Блаженная Ксения Петербургская, в честь которой освящён храм, жила в XVIII веке. После смерти супруга, придворного певчего Андрея Фёдоровича Петрова, она приняла подвиг юродства, носила одежду покойного мужа и раздала имущество бедным. Скончалась между 1777 и 1803 годами, погребена на Смоленском кладбище Санкт-Петербурга. В 1988 году канонизирована Русской Православной Церковью.
Храмы в честь блаженной Ксении Петербургской стали возводиться в различных регионах России начиная с конца XX века. Чаще всего они строились при больницах, кладбищах и в новых жилых районах. Архитектурные решения таких храмов варьируются от небольших часовен до капитальных сооружений с колокольнями.
Типология калининградского храма соответствует общим тенденциям современного церковного строительства в регионе. В оформлении могли быть использованы элементы, отсылающие к петербургской часовне святой Ксении, построенной в 1902 году на Смоленском кладбище. Точные данные о времени строительства, архитекторе и особенностях освящения данного храма в открытых источниках не обнаружены.