Однако, учитывая ограниченные размеры временного храма и возрастающее число прихожан, возникла необходимость в строительстве нового, более просторного храма. В 1999 году администрация города выделила участок земли под строительство нового храма. Строительство велось с 1999 по 2002 год. Торжественное освящение храма в честь святой блаженной Ксении Петербургской состоялось 25 сентября 2001 года.

Архитектурно храм представляет собой кирпичное здание, выполненное в традициях русского православного зодчества. В 2008 году храм обрел свой «голос» — был установлен набор из семи колоколов, самый большой из которых весит 210 килограммов, а самый малый — 14 килограммов. На большом колоколе сделаны надписи на церковнославянском языке: по верхнему поясу — «Святая блаженная мати Ксение, моли Бога о нас», по нижнему — «Сей колокол отлит в лето 2008 для храма св. блж. Ксении Петербургской, что во граде Клин, радением рабов Божиих Андрея, Инны и Виктора».

При храме действует воскресная школа, расположенная в здании бывшего временного храма. Также при храме организована паломническая служба, которая занимается организацией поездок к православным святыням.