Храм святых равноапостольных Кирилла и Мефодия был основан в 1990-е годы как первая университетская церковь в Санкт-Петербурге. Торжественное освящение храма состоялось 24 мая 1995 года, в день памяти святых Кирилла и Мефодия и в день рождения университета. Чин освящения совершил митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский.
В 2002 году храм был закрыт. Богослужения возобновились 23 октября 2013 года после более чем десятилетнего перерыва. С этого времени храм продолжает свою деятельность как домовый храм при университете.
Храм расположен в комплексе зданий Санкт-Петербургского гуманитарного университета профсоюзов, который ведет свою историю с 1926 года. Первоначально это была Высшая профсоюзная школа культуры, преобразованная в 1991 году в университет.
Архитектурный комплекс университета, включающий храм, строился с 1975 года по проекту архитекторов Н.Н. Надёжина, Е.Д. Лохановой и О.В. Семёновой. Основные корпуса были возведены в период с 1979 по 1993 годы.
Храм посвящен святым равноапостольным Кириллу и Мефодию - создателям славянской азбуки и переводчикам богослужебных книг на славянский язык. Их миссионерская деятельность среди славянских народов началась в 863 году по приглашению моравского князя Ростислава.