Храм Казанской иконы Божией Матери в Гаване был возведен в период с 2004 по 2008 год по инициативе руководителя Кубы Фиделя Кастро как памятник российско-кубинской дружбе. Закладной камень освятил митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев) 14 ноября 2004 года, впоследствии ставший Патриархом Московским и всея Руси. Торжественное освящение храма состоялось 19 октября 2008 года.
Проект храма разработан российским архитектором Алексеем Воронцовым в традициях древнерусского зодчества, с элементами, напоминающими Благовещенский собор Московского Кремля. Здание представляет собой пятиглавый храм с шатровой колокольней в стиле XVII века. Высота сооружения составляет около 30 метров, а главное помещение размером 18 на 18 метров способно вместить до 500 человек.
Строительство велось преимущественно на средства кубинского правительства, при этом Московский Патриархат выделил 245 тысяч долларов на расселение жильцов дома, находившегося на месте будущего храма. Основные строительные материалы, включая более миллиона кубинских кирпичей, были использованы местные, тогда как купола, колокола, иконостас и другие элементы убранства были доставлены из России.
До постройки храма православные богослужения на Кубе проводились с 2001 года сначала в помещениях российского торгового представительства, затем в посольстве и католических храмах. В 2003 году неподалеку была освящена небольшая церковь святителя Николая Чудотворца Константинопольского Патриархата.
Храм Казанской иконы Божией Матери стал первым крупным православным сооружением Русской Православной Церкви в Карибском бассейне. Его создание отражает исторические связи между Россией и Кубой, сложившиеся во второй половине XX века.