Село Стародубское было основано в середине XX века в связи с развитием сельского хозяйства и рыбной промышленности на юге Сахалина. В течение длительного времени населённый пункт не имел собственного православного храма, и богослужения проводились в соседних населённых пунктах или в приспособленных помещениях. В связи с ростом населения и потребностью в духовном окормлении, в начале 2000-х годов было принято решение о строительстве храма в селе Стародубское.
Строительство храма началось в 2002 году после регистрации местной православной религиозной организации прихода Иверской иконы Божией Матери. Местом для строительства был выбран участок по адресу улица Набережная, 21. Проект предусматривал возведение одноэтажного здания в традиционном русском архитектурном стиле с использованием современных строительных материалов. Храм был построен из дерева, с центральным куполом и колокольней. Фасады были окрашены в светлые тона, гармонирующие с окружающей природой. Внутреннее убранство включало иконостас, выполненный местными мастерами, и необходимые для богослужения предметы.
В 2005 году строительство храма было завершено, и он был освящён. С этого момента храм стал центром духовной жизни села Стародубское. В нём регулярно проводятся богослужения, празднуются православные праздники и осуществляется духовное окормление местного населения. Храм также является центром культурной и просветительской деятельности в селе.