Храм в честь Иверской иконы Божией Матери был построен на территории Барнаульского епархиального управления в конце 1990-х годов по инициативе епископа Барнаульского Антония (Масендича). Строительство осуществлялось в рамках восстановления церковной инфраструктуры после периода советского атеистического правления.
В период с 2000 по 2004 год храм выполнял функции домового храма для Барнаульского духовного училища, размещавшегося в здании епархиального управления. В мае 2008 года по благословению епископа Барнаульского и Алтайского Максима были установлены новый купол и крест. Купол массой около 450 кг монтировали с использованием двух подъемных кранов.
20 сентября 2013 года, накануне празднования Рождества Пресвятой Богородицы, в храме начали совершаться регулярные богослужения, и он получил статус семинарского храма. Осенью 2021 года в храме проведены ремонтные работы, включавшие покраску стен и замену металлического покрытия купола.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное сооружение в псевдорусском стиле, выполненное в виде четверика со срезанными углами, увенчанного главкой под декоративным шатром. Храм является частью комплекса зданий епархиального управления, имеющего ограду и внешний вид, напоминающий небольшой монастырь.
Богослужебная жизнь храма включает регулярные службы в воскресные и праздничные дни с всенощным бдением накануне, а также по средам и пятницам. По субботам утром попеременно совершаются панихиды и водосвятные молебны. Храм имеет несколько престольных праздников, среди которых особо отмечаются 26 октября (актовый день семинарии), 25 февраля и переходящий праздник во вторник Светлой седмицы.
При храме сформировалась постоянная община верующих. Особенностью богослужебной практики является участие семинаристов, которые выполняют различные послушания: чтение, пение на клиросе, пономарское служение. Мужской хор семинарии известен своим слаженным пением.
