Храм был возведён в 1794 году на месте обветшавшей деревянной церкви, существовавшей в селе с XVII века.Согласно писцовым книгам Ростовского уезда 1629–1631 годов, в Годенове уже тогда находилась деревянная церковь Иоанна Златоуста
Новый каменный храм был построен на средства прихожан, получивших благословение Ярославского архиерея. Архитектурно здание представляет собой пятиглавую церковь с шатровой колокольней. Главный престол освящён во имя святителя Иоанна Златоуста, а в середине XIX века к храму был пристроен каменный придел в честь Боголюбской иконы Божией Матери .
В 1423 году на Сахотском болоте, недалеко от Годенова, пастухам явился Животворящий Крест Господень. Это событие стало основой для почитания Креста как великой святыни. В 1933 году, в период гонений на церковь, Крест был тайно перенесён в храм Иоанна Златоуста, где хранился в закрытом виде до 1997 года .
С 1997 года храм стал подворьем Никольского женского монастыря в Переславле-Залесском. С этого времени в храме возобновились регулярные богослужения, чтение акафистов перед Животворящим Крестом и приём паломников. Крест был открыт для всеобщего поклонения, и храм стал центром паломничества .
