Храм во имя святого мученика Иоанна Воина в Омске относится к числу сохранившихся культовых сооружений дореволюционного периода. Точная дата основания первоначального храма на этом месте требует дополнительных архивных изысканий. Известно, что в начале XX века здесь существовала войсковая церковь, обслуживавшая гарнизонные нужды.
В архитектурном плане здание представляет собой характерный для сибирского церковного зодчества образец с элементами эклектики. Основной объем выполнен в традициях русско-византийского стиля с четко выраженной осевой композицией. Сохранились фрагменты первоначального декора фасадов, включая кирпичный узорчатый пояс.
В 1920-е годы храм был закрыт для богослужений и переоборудован под складские помещения. В ходе антирелигиозной кампании были утрачены элементы внутреннего убранства, включая иконостас и настенные росписи. Здание сохранилось благодаря использованию его в хозяйственных целях.
Возрождение храма началось в 1990-е годы после передачи здания Русской Православной Церкви. Реставрационные работы проводились поэтапно с максимальным сохранением исторических конструкций. Были восстановлены купола и кресты, отлитые по сохранившимся образцам.
Современный статус храма закреплен за ним как за объектом культурного наследия регионального значения. В научных каталогах он фигурирует как пример адаптации культовой архитектуры к условиям Сибири. Богослужебная жизнь возобновлена согласно установленному чину.