Храм святого праведного Иоанна Кронштадтского в городе Лесосибирске был основан в 1992 году в приспособленном деревянном здании бывшего кинотеатра, над которым была сооружена звонница. В период 1990-х годов этот храм являлся основным местом богослужений для православных жителей города.
В 1994 году по инициативе местной православной общины возникла необходимость создания в Лесосибирске специализированного учебного заведения с православным компонентом образования. Осенью 1994 года настоятель Крестовоздвиженского прихода поручил одной из прихожанок начать организацию православного образовательного учреждения. В январе 1995 года для изучения опыта организации подобных учреждений представители общины были направлены на Международные Рождественские образовательные чтения в Москву.
14 сентября 1995 года начала свою работу Лесосибирская православная гимназия во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского. Первый педагогический коллектив гимназии формировался из верующих преподавателей, имеющих специальное образование и опыт работы с детьми. В 2002 году, после постройки в городе Воздвиженского собора, храм Иоанна Кронштадтского получил статус домового храма при православной гимназии.
Архитектурные особенности здания храма связаны с его первоначальным назначением как переоборудованного кинотеатра. В оформлении храма присутствуют элементы традиционного православного зодчества, включая сооруженную звонницу. Престольные праздники храма отмечаются 2 января (день преставления святого праведного Иоанна Кронштадтского) и 14 июня (день его прославления).
Богослужения в храме совершаются на церковнославянском языке по субботам, воскресеньям, в праздничные дни и дни памяти особо чтимых святых. При храме действует православная гимназия, осуществляющая образовательную деятельность с 1995 года. Исторически храм относится к Енисейской епархии Русской Православной Церкви.
