Станица Новониколаевская была основана в XIX веке в период активного заселения и освоения Кубанского края. Первые поселенцы, преимущественно казаки, стремились создать условия для духовной жизни, что обусловило необходимость строительства православного храма.
Точные сведения о дате начала строительства и завершения Храма Иоанна Богослова в станице Новониколаевской отсутствуют. Предположительно, храм был возведен в конце XIX — начале XX века, что соответствовало общероссийской тенденции строительства каменных церквей в этот период.
Архитектурные особенности храма включают традиционные элементы православного зодчества того времени. Здание, вероятно, выполнено из кирпича или камня, с характерными для того периода декоративными элементами на фасадах. Внутреннее убранство, предположительно, включало иконостас и росписи, соответствующие канонам православной церкви.
В период советской власти, начиная с 1920-х годов, многие религиозные учреждения подверглись закрытию или перепрофилированию в рамках антирелигиозной политики государства. Однако конкретные сведения о судьбе Храма Иоанна Богослова в станице Новониколаевской в этот период отсутствуют.
В постсоветский период, с началом процесса возрождения религиозной жизни в России, многие храмы были возвращены Русской Православной Церкви и восстановлены. Однако точные данные о времени и обстоятельствах возобновления деятельности Храма Иоанна Богослова в станице Новониколаевской недоступны.
В настоящее время храм продолжает функционировать, выполняя свою основную религиозную функцию. Здание храма расположено по адресу: Интернациональная улица, 12, и является местом проведения богослужений и религиозных обрядов для местных жителей.
