Первое упоминание о храме Иоанна Богослова в селе Ягуново относится к 1997 году, когда временная церковь была обустроена в одноэтажном здании. Этот храм вошел в состав Кемеровского благочиния, образованного в 1990 году после выделения Кемеровской области из Новосибирской епархии. В 1997 году приход получил статус юридического лица в составе Кемеровской епархии Русской Православной Церкви.
В период с 2020 по 2025 год на территории села была построена новая деревянная церковь, заменившая временное здание. Храм относится к 1-му Кемеровскому благочинническому округу Кузбасской митрополии. Архитектурные особенности здания не описаны в доступных источниках.
В 2025 году при храме проводились мероприятия Братства православных следопытов, включая Рождественский лагерь. Исторические данные о более ранних периодах существования православной общины в селе Ягуново в открытых источниках отсутствуют.