Первое упоминание о храме во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова в селе Седлистом относится к началу XVIII века. Церковь первоначально располагалась на Басаргинском учуге, о чем свидетельствуют архивные документы, датированные не позднее 1717 года. В 1743 году по прошению Астраханской гарнизонной канцелярии храм был перенесен на Седлистенскую карантинную заставу.
В июне 1753 года церковь пострадала от удара молнии и полностью сгорела. Восстановление храма было осуществлено в 1756 году по челобитной поручика Седлистинской заставы И. Мартукина. Описание Астраханской губернии, составленное И.В. Равинским в 1804 году, содержит сведения о деревянной церкви во имя Иоанна Богослова в селе Седлистом. В 1812 году храм был перенесен в село Икряное.
Исторические источники свидетельствуют, что в XVIII веке это был единственный храм в Седлистом. Архивные материалы содержат подробные описания церковного имущества и утвари, характерные для храмов Астраханской епархии того периода. В хозяйственных документах отмечается деревянная конструкция здания, типичная для храмового строительства в низовьях Волги.
В клировых ведомостях XIX века храм числится как приходская церковь, обслуживающая духовные нужды местного населения. Особенностью храма было его расположение вблизи карантинной заставы, что определяло специфику прихожан. В метрических книгах сохранились записи о совершавшихся в храме таинствах крещения, венчания и отпевания.
После переноса храма в Икряное в 1812 году, в Седлистом длительное время не было собственной церкви. Только в начале XX века в селе был построен новый храм, но уже в честь Смоленской иконы Божией Матери. Историческая преемственность между этими храмами прослеживается в сохранении традиций духовного окормления местных жителей.