Согласно архивным данным, каменная церковь во имя святого Иоанна Богослова в селе Пружинки была построена в 1861 году на средства прихожан. Храм имел один престол, посвящённый святому апостолу и евангелисту Иоанну Богослову. Архитектурно здание представляло собой образец церковного зодчества середины XIX века с характерными для того периода элементами.
В советский период, в 1930-х годах, храм был закрыт, и его здание использовалось для различных хозяйственных нужд, что привело к утрате многих элементов внутреннего убранства и архитектурных деталей.
В 1990-х годах, в период возрождения религиозной жизни в России, здание храма было возвращено Русской Православной Церкви. Силами прихожан и при поддержке местных властей начались восстановительные работы, направленные на возвращение храму его первоначального облика и возобновление богослужений.
В настоящее время храм святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова в селе Пружинки действует, в нём регулярно проводятся богослужения и церковные таинства. Приходская община активно участвует в духовной и социальной жизни региона, способствуя сохранению и развитию православных традиций.