Храм во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова в селе Малая Локня Суджанского района Курской области относится к памятникам деревянного зодчества середины XIX века. Село Малая Локня известно как сложившееся поселение с конца XVII — начала XVIII века, первоначально именовалось Локня или Локонка Малая Сотницкое. Основано как сторожевой пункт служилых казаков.
В последней четверти XVIII века в селе уже существовал деревянный храм в честь Иоанна Богослова. К середине XIX века здание обветшало, и в 1857 году на средства помещиц Александры Павловны Давыдовой (1794-1884) и Анны Васильевны Дуровой (дата смерти неизвестна) был построен новый деревянный храм на каменном фундаменте. Храм имел одну связь с колокольней, был покрыт железом и имел один престол во имя Иоанна Богослова.
По клировым ведомостям 1916 года храм обладал достаточной утварью. При церкви числилось 3 десятины 1200 кв. саженей усадебной земли с погостом, 58 десятин пахотной и 3 десятины сенокосной земли. Приход включал село Малая Локня, деревни Кругленькое, Погребки, Старую и Новую Сорочину, хутора Никольский и Найдин, деревни Николаевку, Лёвшинку и село Старое Гатище.
В 1933 году храм был закрыт, здание переоборудовано под клуб: сняты ярусы колокольни, купол и восьмерик, выполнена двускатная кровля. В период немецкой оккупации, 15 июля 1942 года, богослужения возобновились. Официальная регистрация церковного совета произошла 31 августа 1944 года. 27 сентября 1950 года постановлением облисполкома храм вновь закрыли, здание передано колхозу «Восток» под клуб.
В 1990-е годы здание храма пустовало. Весной 2012 года богослужения возобновились. На момент возобновления служб здание находилось в аварийном состоянии: отсутствовали купол, колокольня и входные крыльца, частично разрушена кирпичная кладка цоколя и нижние венцы сруба, утрачены штукатурка, лепнина и росписи интерьеров, отсутствовал иконостас.