Село Холодное было основано в 1794 году, когда Холоднянское сельское общество было «положено в оклад». К 1816 году хутор Холодный насчитывал 42 двора. В период с 1837 по 1840 годы в селе была построена деревянная церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В 1898 году на её месте возвели новый деревянный храм. При храме функционировала церковно-приходская школа.
В 1930-е годы, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был разрушен. Восстановление храма началось спустя 40 лет. В 2000 году на его месте был заложен камень, а в мае 2002 года архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн торжественно освятил новое сооружение в честь апостола Иоанна Богослова.