Храм во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова в Самаре был основан 23 марта 2000 года по благословению архиепископа Самарского и Сызранского Сергия. Здание, переданное муниципалитетом Самарской епархии, ранее использовалось как детский сад. Водосвятный молебен и освящение здания совершены в том же году, после чего начались регулярные богослужения.
Первоначально храм располагался в перестроенном здании, где силами прихода был устроен алтарь, расписан иконостас и установлена звонница с колоколами. Архитектурный проект реконструкции разработан архитектором Сергеевым. В сентябре 2000 года при храме начала действовать воскресная школа для детей, а в октябре того же года открыта катехизаторская школа для взрослых, проводящая занятия по основам христианской веры.
В последующие годы храмовый комплекс расширялся. К 2016 году завершено строительство нового здания церкви, включившего придел в честь иконы Божией Матери «Всецарица». Архитектурное решение нового здания разработано А.В. Тузовым. Храм сохраняет статус действующего и относится к Самарскому Безымянному благочинию Самарской епархии.
Престольные праздники храма установлены в память апостола Иоанна Богослова: 21 мая (день памяти), 13 июля (Собор двенадцати апостолов) и 9 октября (день преставления). Богослужебная жизнь храма следует традиционному уставу с ежедневными службами, акафистами по средам и воскресным дням.