Храм Иоанна Богослова в городе Выкса был построен в конце XVIII века тщанием помещика Ивана Родионовича Баташева. Первоначально церковь была освящена в честь Рождества Пресвятой Богородицы в 1799 году. Храм располагался между слободами Верхнего и Среднего Выксунских заводов, на возвышенности рядом с кладбищем. Изначально он не имел собственного прихода и был приписан к главному храму города — Христорождественской церкви, построенной в 1773 году.
Архитектурный облик храма на момент постройки соответствовал традициям классицизма с элементами барокко. Основной объем представлял собой ротонду, к которой непосредственно примыкала одноярусная колокольня над западным входом. Трапезная отсутствовала. К западу от церкви находилось деревянное здание богадельни. В середине XIX века храм подвергся значительной перестройке: в 1857 году была пристроена трапезная, что удлинило здание в западном направлении. Колокольня была перенесена над новым западным входом, ее шарообразная главка заменена на луковичную, фасады украшены кокошниками. После перестройки храм приобрел планировочную схему «корабль».
В начале XX века церковь продолжала выполнять функции кладбищенского храма. В 1936 году решением властей храм был закрыт в связи с планами прокладки транспортной магистрали через территорию кладбища. Здание планировали переоборудовать под пионерский клуб, но в итоге в 1937 году его передали под детский сад. В процессе перестройки были утрачены многие архитектурные элементы: снесен ярус звона колокольни, изменены формы оконных проемов, внутреннее пространство разделено на два этажа. Сохранились лишь фрагменты росписей в куполе ротонды и чугунная винтовая лестница.
В 1994 году здание храма было взято под государственную охрану как памятник архитектуры и возвращено Нижегородской епархии. Начался процесс восстановления: в 1996 году митрополит Нижегородский и Арзамасский Николай (Кутепов) освятил престол в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Реставрационные работы завершились в 2006 году восстановлением колокольни и купола. В настоящее время храм имеет статус архиерейского подворья.
