Первый деревянный храм во имя пророка Божия Илии в селе Малобрусянском был освящен 21 июня 1866 года по благословению архиепископа Пермского и Верхотурского Неофита. Храм строился на средства прихожан и представлял собой однопрестольное деревянное здание с трехъярусным иконостасом столярной работы, украшенным резьбой и позолотой. Иконы царских врат со временем потребовали реставрации из-за образовавшихся трещин.
В начале XX века рядом с деревянной церковью началось строительство каменного храма. Однопрестольная кирпичная церковь в стиле эклектики с элементами классицизма была завершена и освящена в 1914 году. Архитектурный облик храма отличался лаконичностью: четкое членение фасадов вертикальными лопатками и горизонтальным карнизом, кубовидный объем основной части, характерный для традиций древнерусского зодчества.
В 1929 году по решению советских властей Ильинский храм был закрыт одним из первых среди приходских церквей региона. Здание подверглось разграблению, были утрачены многие ценные реликвии. В последующие десятилетия храм использовался для хозяйственных нужд, в этот период была разобрана колокольня. Ко второй половине XX века здание пришло в запустение.
В 1998 году храм был возвращен Русской Православной Церкви. С 1999 года начались восстановительные работы. В ходе реставрации был воссоздан золоченый иконостас, проведена консервация и восстановление настенных росписей. К началу XXI века храм обрел современный облик, сохранив архитектурные особенности постройки 1914 года.
Приход в Малобрусянском образовался в 1866 году путем выделения из Бобровского прихода. Первоначально в его состав входили деревни Брусяны, Гусева и Косулина, последние две в 1878 году образовали самостоятельный приход. Название «Малобрусянский» было дано для отличия от другого прихода с аналогичным названием, но большим числом прихожан. В деревне Гусевой существовала деревянная часовня во имя святителей Афанасия и Кирилла Александрийских.