Село Порожнее было основано в 1819 году. К началу XX века население села значительно увеличилось, что обусловило необходимость строительства собственного храма. До этого времени жители села посещали церковь во имя Трех Святителей в селе Хлопуновском, основанную в 1864 году. В 1908 году в Порожнем была построена деревянная однопрестольная церковь во имя святого пророка Илии. Порожненский приход относился к 36-му благочинию Томской епархии.
Архитектурный облик храма представлял собой традиционное деревянное здание, характерное для сельских церквей того времени. Храм был построен из дерева, с использованием местных строительных материалов. Внутреннее убранство храма включало иконостас и иконы, соответствующие канонам православной церкви.
В 1930 году в селе был организован колхоз «Красный Партизан». В этот период многие религиозные учреждения подвергались закрытию и разрушению. Судьба храма во имя святого пророка Илии в этот период точно не установлена, но вероятно, что он был закрыт и использовался для хозяйственных нужд.
