Первые упоминания о храме во имя святого пророка Илии в селе Ильинское Козельского уезда относятся к концу XVIII века. В 1797 году здесь уже существовала деревянная церковь, освященная в честь этого ветхозаветного пророка. В 1858 году на средства местных дворян Михаила и Сергея Челищевых был возведен каменный однопрестольный храм, заменивший прежнюю постройку.
Храмовая архитектура соответствовала традициям русского церковного зодчества середины XIX века. Здание было выполнено из кирпича, с каменной колокольней и оградой. В 1911 году на средства прихожан рядом с церковью была построена деревянная сторожка. Приход храма включал 42 двора села Ильинского и несколько окрестных деревень, всего около 183 дворов.
В 1932 году богослужения в храме прекратились, а в 1935 году он был официально закрыт. Помещение церкви использовалось как склад для зерна колхозом «Путь Ильича». В 1990-х годах здание, где ранее содержался колхозный скот, находилось в аварийном состоянии.
15 января 1997 года храм был передан Калужской епархии согласно распоряжению Комитета по управлению государственным имуществом. Начались восстановительные работы, и за два года здание было полностью отреставрировано. 22 августа 1999 года состоялось освящение возрожденного храма. Неподалеку от церкви находится источник, освященный в честь пророка Илии, с часовней и купальней.
В настоящее время храм является Архиерейским Подворьем. Главный престол освящен в честь пророка Илии, память которого празднуется 20 июля (2 августа по новому стилю). В храме сохраняется преемственность богослужебной традиции, восходящей к дореволюционному периоду.