Храм во имя святого пророка Илии в селе Ильинка Казанского района Тюменской области был заложен в 1796-1797 годах вместо существовавшего ранее деревянного храма. Строительство каменного здания завершилось к 1814 году. Это один из первых каменных храмов в Приишимье. Главный престол освящен в честь пророка Илии, придел - в честь иконы Божией Матери «Знамение».
В 1872 году при храме было открыто церковно-приходское попечительство. В приход входили село Ильинка и близлежащие деревни: Баландина, Ельцова, Комарова и Благодатновский поселок. При храме действовали Ильинская женская церковно-приходская школа и школа грамоты в деревне Баландиной. К 1914 году храм был обнесен каменной оградой с железными решетками.
В 1935 году храм был закрыт и использовался как зерносклад. 7 июня 1944 года постановлением Омского облисполкома здание было возвращено верующим. В 1960 году последовало повторное закрытие храма. В разные годы здание использовалось под школьные мастерские, пекарню и другие хозяйственные нужды. В 1970-1980-х годах храм стоял пустующим и постепенно разрушался.
В 1978 году директор совхоза «Ильинский» инициировал проект реставрации храма, который начал реализовываться в 1985 году. В здании разместился краеведческий музей. В 1990 году храм был возвращен Русской Православной Церкви. В июле 1996 года проведен капитальный ремонт, в ходе которого был убран потолок в купольной части. После ремонта храм был вновь освящен.
В дореволюционный период к храму были приписаны Вознесенская церковь в деревне Красный Яр и часовня в деревне Баландиной. По статистическим данным, в 1895 году приход насчитывал 3423 человека, в 1900 году - 3979 человек, а в 1914 году - 2489 человек. Среднегодовое количество совершаемых треб составляло: крещений - 314, браков - 35, погребений - 238.