Этот храм, также известный как Южный храм, входит в комплекс так называемых Зеленчукских храмов, построенных в X веке на территории Нижне-Архызского городища, предположительно являвшегося столицей древней Алании — города Маас.
Построенный в конце X века, храм пророка Илии изначально функционировал как домовая церковь, обслуживающая жилые кварталы древнего города. Он является самым небольшим по размерам среди Зеленчукских храмов. Архитектурно здание представляет собой вытянутое в длину трёхапсидное крестовокупольное сооружение. Предполагается, что храм был возведён местным мастером под влиянием восточно-византийских традиций. В результате реставрации, проведённой монахами в конце XIX века, храм получил металлическую кровлю, купол, а также пристройку с западной стороны.
В XIX веке, во время основания Александро-Афонского монастыря, Южный храм был восстановлен и освящён в честь святого благоверного князя Александра Невского. Монахи не только восстановили храм, но и внесли изменения в его облик, что отразилось в архитектурных особенностях, отличающих его от других храмов комплекса.
В настоящее время храм пророка Илии является действующим православным храмом. День памяти пророка Илии отмечается 2 августа, что является престольным праздником храма.
