История прихода в честь пророка Божия Илии в Томмоте начинается с середины 1990-х годов. 1 августа 1995 года, во время архипастырской поездки в южные районы епархии, епископ Герман (Моралин) посетил город Томмот, где совершил таинство Крещения для местных жителей. Вскоре после этого было принято решение об образовании приходской общины. Для нужд прихода было выделено здание бывшего городского совета, в котором начались ремонтные работы с целью приспособления его под молитвенный дом.
Новообразованный приход вошел в состав Южного благочиния и обслуживался его штатными клириками. С образованием самостоятельного Алданского благочиния храм был включен в его состав. В 2011 году епископом Якутским и Ленским Романом было совершено освящение места, выделенного под строительство нового постоянного храма на живописном берегу реки Алдан.
Летом 2014 года был проведен капитальный ремонт существующего молитвенного дома. 26 ноября того же года, в день памяти святителя Иоанна Златоуста, епископ Роман совершил освящение обновленного здания.
В настоящее время продолжаются строительные работы по возведению нового храма. Существующий молитвенный дом продолжает функционировать, обеспечивая духовное окормление местных жителей.
