В 1707 году стольник Иван Фомич Щечка инициировал строительство бревенчатой Ильинской церкви в поселении Ельня. Этот храм стал важным духовным центром для местного населения. В 1791 году деревянная Ильинская церковь была разобрана, и на её месте началось возведение Преображенского собора.
В XIX веке рядом с собором был построен двухэтажный жилой дом для клириков, служивший местом проживания священнослужителей и выполнявший административные функции.
В советский период Преображенский собор был закрыт и впоследствии не сохранился. Здание дома для клириков использовалось как жилой дом, что позволило ему сохраниться до наших дней.
В 1987 году в Ельне была зарегистрирована православная община во имя святого пророка Илии, что ознаменовало возрождение религиозной жизни в регионе. В апреле 1989 года верующим был передан двухэтажный жилой дом, ранее принадлежавший клирикам. К существующему зданию пристроили алтарную часть и колокольню, адаптируя его под нужды храма. Реставрационные работы проводились по проекту архитектора В. К. Медведева. 3 мая 1994 года храм был освящен, что ознаменовало завершение основных восстановительных работ и начало полноценной религиозной деятельности.
Архитектурно здание церкви состоит из паперти, притвора, храмовой части, алтарной части и колокольни. На первом этаже храма располагаются библиотека, воскресная школа и подсобные помещения.
