История этого храма отражает сложные периоды в жизни региона и страны в целом.
В начале XX века, когда посёлок Поныри только начинал своё развитие, местные жители приняли решение о строительстве храма, который бы служил духовным центром для населения. Точные даты начала и завершения строительства неизвестны, однако предполагается, что храм был возведён в первые годы XX века. Это был деревянный храм, построенный на средства прихожан и освящённый в честь иконы Божией Матери «Знамение». Архитектурно здание соответствовало традиционным канонам православного зодчества того времени.
После революционных событий 1917 года и установления советской власти, религиозные учреждения по всей стране подверглись преследованиям. В начале 1920-х годов храм в Понырях был разрушен по приказу властей, а его строительные материалы использованы для других нужд.
Несмотря на это, местный священник Михаил Щеголев добился разрешения на строительство нового храма. Собрав необходимые средства, он организовал возведение небольшого деревянного храма вблизи кладбища, вновь освящённого в честь иконы Божией Матери «Знамение». Однако и этот храм вскоре был закрыт, а его здание переоборудовано под больницу. Священник Михаил Щеголев и его семья подверглись репрессиям, разделив судьбу многих священнослужителей того времени.
Во время Великой Отечественной войны, в 1943 году, в ходе ожесточённых боёв в районе Понырей, храм был разрушен в результате бомбардировок. После окончания войны и до конца XX века храм не восстанавливался, и богослужения не проводились.
Ситуация изменилась на рубеже XXI века, когда в посёлке Поныри вновь возникла инициатива по возрождению храма. Временное помещение для проведения богослужений было организовано в здании бывшего магазина. Однако потребность в полноценном храме оставалась актуальной.
7 мая 2006 года был заложен первый камень нового храма иконы Божией Матери «Знамение» рядом с парком посёлка Поныри. Строительство велось при активной поддержке местных властей и благотворителей. Уже 7 декабря 2007 года состоялось освящение нового храма. Здание выполнено в традиционном стиле, с бело-голубым фасадом, отражающим символику иконы «Знамение».
