Храм в честь иконы Божией Матери «Взыскание погибших» на Балтийской косе относится к числу культовых сооружений Балтийска. Точная дата основания храма в доступных источниках не указана, однако известно, что местная религиозная организация прихода была зарегистрирована 6 декабря 1999 года.
Исторически Балтийск (ранее Пиллау) являлся важным стратегическим пунктом на Балтийском море. В конце XVII века в составе Великого посольства в Пиллау прибыла походная церковь, где совершались богослужения. В середине XVIII века российские коменданты Пиллау сохраняли православную церковь в крепости, однако её дальнейшая судьба неизвестна.
Современный храм на Балтийской косе является приписным к Кафедральному Свято-Георгиевскому морскому собору Балтийского флота. Последний располагается в здании бывшей реформистской кирхи 1866 года постройки, которая была освящена как православный храм в 1991 году.
В августе 1997 года в Кафедральном соборе состоялась церемония освящения иконостаса, что означало восстановление церковной жизни в регионе. Храм на Балтийской косе, посвящённый иконе «Взыскание погибших», вошёл в реестр храмов Калининградской епархии.
Икона Божией Матери «Взыскание погибших» имеет особое значение в православной традиции. Название образа восходит к XVII веку и связано с чудом спасения крестьянина Федота Обухова в Калужской губернии. Впоследствии списки с этой иконы получили распространение по всей России, включая западные регионы.