Первоначальный храм был возведён в 1775 году. В 1878 году в этом храме состоялось венчание барона Константина Константиновича Розена с Варварой Николаевной Уваровой, дочерью помещицы Богодуховского уезда.
В 1937 году, в период антирелигиозной кампании, церковь была разрушена, остался только остов колокольни.
В 2008 году храм был восстановлен по картине, нарисованной одним из жителей села с натуры. Архитектором проекта выступил И.Н. Чечель. 21 декабря 2008 года состоялось освящение восстановленного храма.
Современное здание храма представляет собой каменное сооружение с характерными элементами православной архитектуры. Храм действует и является центром духовной жизни села Толоконное.
