Храм святых мучеников Флора и Лавра в поселке Хомутовка был образован и зарегистрирован 15 августа 1993 года. До революции на этом месте существовал храм, который был утрачен в начале XX века в период советской власти. В течение долгого времени приход не имел постоянного здания для богослужений.
С 1993 по 1998 год богослужения проводились в здании народного суда. После пожара 23 ноября 1998 года приход временно разместился в здании хозяйственного магазина. По просьбам прихожан и жителей поселка в 2006 году приход получил здание бывших детских яслей, которое было реконструировано под храм. В настоящее время планируется возведение колокольни.
Исторически поселок Хомутовка впервые упоминается в 1686 году как слобода Комарицкий Холм. В XVIII веке село получило второе название — Хомутовка, по фамилии местных помещиков. В церковном отношении территория входила в состав Севской десятины, затем Московской епархии, а с 1742 года — Севской епархии. С 1788 года храм находился в ведении Белгородской епархии, с 1799 года — Курской епархии, а с 2012 года — Железногорской епархии Курской митрополии.
В окрестностях Хомутовки сохранились свидетельства о других храмах, например, Пятницкой церкви в селе Гламаздино, которая была упразднена в 1840-х годах за ветхостью. Вместо нее в 1846 году была построена каменная церковь во имя святого Аркадия. Эти данные позволяют проследить преемственность церковной жизни в регионе.
В 2009 году близ Хомутовки был освящен родник «Белый колодезь», исторически почитаемый местными жителями. В начале XX века у родника существовала часовня, построенная помещицей из Севска. В советский период родник пришел в запустение, но в 2000-х годах был благоустроен, включая установку купели и часовни.