Приход села Зура был учреждён по указу Святейшего Синода от 20 марта 1845 года за №2428. Первоначально богослужения совершались в крестьянском доме. В 1847 году на средства прихожан была возведена деревянная церковь, освящённая 3 ноября того же года в честь святителя Митрофана, епископа Воронежского. Храм располагался в западной части села за рекой Ита, в районе старого моста.
В 1868 году при церкви было организовано церковно-приходское попечительство, а в 1895 году открыта церковно-приходская школа. К 1885 году приход насчитывал 37 деревень и починков, что потребовало строительства более вместительного каменного храма. Строительство велось по проекту вятского епархиального архитектора Александра Степановича Андреева в 1885-1894 годах. Деревянный храм был разобран и перенесён в село Большая Чепца Сарапульского уезда в 1895 году.
Новый каменный храм был выполнен в псевдорусском стиле с элементами византийской архитектуры. Здание имело три престола: главный — во имя святителя Митрофана Воронежского, правый — в честь святых апостолов Петра и Павла, и пещерный — в честь Казанской иконы Божией Матери, использовавшийся для отпевания усопших. Храм венчало пятиглавие с золочёными куполами, колокольня была шатровой. Внутреннее убранство включало иконостас в стиле ампир с семью круглыми иконами и резными фигурами ангелов.
В 1929 году храм был временно закрыт, но вскоре открыт по просьбе верующих. Окончательное закрытие произошло на основании постановления Президиума Верховного Совета УАССР от 20 декабря 1938 года. В ходе закрытия были демонтированы купола и колокольня. Здание возвращено верующим в начале XXI века, в 2001 году оно получило статус объекта культурного наследия регионального значения.
