Храм Двенадцати апостолов в селе Ежево был основан в середине XIX века. Приход села Ежево открыт по определению Святейшего Синода от 19 ноября (5 декабря) 1847 года. В его состав вошли селения, ранее входившие в приход села Укан: Ежево, починок Оверинский, деревни Кычановская, Балинская, Меметовская, починок Кычановский, деревни Шамардановская, Ключевская, починки Ежевский и Пашурский.
4 июля 1848 года на средства прихожан был построен молитвенный дом, а в 1849 году возведена временная деревянная церковь. Она была освящена 29 декабря 1849 года в честь Трех Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. 5 сентября 1849 года получено разрешение епархиального начальства на устройство кладбищенской деревянной церкви из часовни.
10 сентября 1853 года Вятской духовной консисторией выдана храмозданная грамота на строительство каменного храма. Строительство велось на средства елабужского купца Ф. Чернова и местного прихожанина из бесермян Ильи Сабрекова. Каменная церковь имела три придела: в холодной части — в честь Двенадцати Апостолов, в теплой — правый придел в честь Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил Бесплотных (освящен 30 июня 1859 года), левый — в честь святого Пророка Илии. До освящения главного престола в честь Двенадцати Апостолов в 1864 году храм именовался Михайло-Архангельским.
15 апреля 1873 года при церкви открыто церковно-приходское попечительство, а 23 ноября 1875 года — церковно-приходская школа. Храм был закрыт на основании постановления президиума ЦИК УАССР от 9 февраля 1938 года. Здание передано под школу. В советский период в нем располагались склад, кинотеатр, а позднее — сельский дом культуры.
3 мая 2008 года храм был вновь открыт после реставрации. Богослужебная жизнь возобновилась в историческом здании, сохранившем архитектурные особенности середины XIX века.