Приход в честь Двенадцати апостолов в Иркутске был образован в 2003 году по благословению архиепископа Иркутского и Ангарского Вадима (Лазебного). Первоначально богослужения совершались во временном помещении на территории городской больницы №10.
В 2011 году на территории прихода была построена часовня с алтарём, освящённая в честь чудотворной иконы Божией Матери «Всецарица». В этом временном храме совершались молебны для онкологических больных и другие богослужения.
С 2013 года началось строительство основного храмового здания. Проект был разработан в неорусском шатровом стиле, с семью главами и звонницей. Высота сооружения составила 42 метра, вместимость - 600 человек. В цокольном этаже разместился нижний придел, воскресная школа и библиотека.
24 апреля 2021 года митрополит Иркутский и Ангарский Максимилиан совершил чин Великого освящения нижнего храма. С этого времени в храме регулярно совершаются богослужения. Архитектурным прообразом для храма послужил храм в честь Елецкой иконы Божией Матери в городе Ельце Воронежской области.
Храм расположен в микрорайоне Синюшина гора Свердловского округа Иркутска. До его появления в этом густонаселённом районе с численностью населения около 200 тысяч человек не было ни одного православного храма.